feat(4D): Add 4D dynamic volume rendering and new pre-clinical 4d pt/ct mode (#3664)
Co-authored-by: Alireza <ar.sedghi@gmail.com> Co-authored-by: Neil <neil.a.macphee@gmail.com>
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No files matched your search
@@ -0,0 +1,654 @@
|
||||
const DEFAULT_COLORMAP = '2hot';
|
||||
const toolGroupIds = {
|
||||
pt: 'dynamic4D-pt',
|
||||
fusion: 'dynamic4D-fusion',
|
||||
ct: 'dynamic4D-ct',
|
||||
};
|
||||
|
||||
function getPTOptions({
|
||||
colormap,
|
||||
voiInverted,
|
||||
}: {
|
||||
colormap?: {
|
||||
name: string;
|
||||
opacity:
|
||||
| number
|
||||
| {
|
||||
value: number;
|
||||
opacity: number;
|
||||
}[];
|
||||
};
|
||||
voiInverted?: boolean;
|
||||
} = {}) {
|
||||
return {
|
||||
blendMode: 'MIP',
|
||||
colormap,
|
||||
voi: {
|
||||
windowWidth: 5,
|
||||
windowCenter: 2.5,
|
||||
},
|
||||
voiInverted,
|
||||
};
|
||||
}
|
||||
|
||||
function getPTViewports() {
|
||||
const ptOptionsParams = {
|
||||
colormap: {
|
||||
name: DEFAULT_COLORMAP,
|
||||
opacity: [
|
||||
{ value: 0, opacity: 0 },
|
||||
{ value: 0.1, opacity: 1 },
|
||||
{ value: 1, opacity: 1 },
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
voiInverted: false,
|
||||
};
|
||||
|
||||
return [
|
||||
{
|
||||
viewportOptions: {
|
||||
viewportId: 'ptAxial',
|
||||
viewportType: 'volume',
|
||||
orientation: 'axial',
|
||||
toolGroupId: toolGroupIds.pt,
|
||||
initialImageOptions: {
|
||||
preset: 'middle', // 'first', 'last', 'middle'
|
||||
},
|
||||
syncGroups: [
|
||||
{
|
||||
type: 'cameraPosition',
|
||||
id: 'axialSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
type: 'voi',
|
||||
id: 'ptWLSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
displaySets: [
|
||||
{
|
||||
id: 'ptDisplaySet',
|
||||
options: { ...getPTOptions(ptOptionsParams) },
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
viewportOptions: {
|
||||
viewportId: 'ptSagittal',
|
||||
viewportType: 'volume',
|
||||
orientation: 'sagittal',
|
||||
toolGroupId: toolGroupIds.pt,
|
||||
initialImageOptions: {
|
||||
preset: 'middle', // 'first', 'last', 'middle'
|
||||
},
|
||||
syncGroups: [
|
||||
{
|
||||
type: 'cameraPosition',
|
||||
id: 'sagittalSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
type: 'voi',
|
||||
id: 'ptWLSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
displaySets: [
|
||||
{
|
||||
id: 'ptDisplaySet',
|
||||
options: { ...getPTOptions(ptOptionsParams) },
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
viewportOptions: {
|
||||
viewportId: 'ptCoronal',
|
||||
viewportType: 'volume',
|
||||
orientation: 'coronal',
|
||||
toolGroupId: toolGroupIds.pt,
|
||||
initialImageOptions: {
|
||||
preset: 'middle', // 'first', 'last', 'middle'
|
||||
},
|
||||
syncGroups: [
|
||||
{
|
||||
type: 'cameraPosition',
|
||||
id: 'coronalSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
type: 'voi',
|
||||
id: 'ptWLSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
displaySets: [
|
||||
{
|
||||
id: 'ptDisplaySet',
|
||||
options: { ...getPTOptions(ptOptionsParams) },
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
];
|
||||
}
|
||||
|
||||
function getFusionViewports() {
|
||||
const ptOptionsParams = {
|
||||
colormap: {
|
||||
name: DEFAULT_COLORMAP,
|
||||
opacity: [
|
||||
{ value: 0, opacity: 0 },
|
||||
{ value: 0.1, opacity: 0.3 },
|
||||
{ value: 1, opacity: 0.3 },
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
};
|
||||
|
||||
return [
|
||||
{
|
||||
viewportOptions: {
|
||||
viewportId: 'fusionAxial',
|
||||
viewportType: 'volume',
|
||||
orientation: 'axial',
|
||||
toolGroupId: toolGroupIds.fusion,
|
||||
initialImageOptions: {
|
||||
preset: 'middle', // 'first', 'last', 'middle'
|
||||
},
|
||||
syncGroups: [
|
||||
{
|
||||
type: 'cameraPosition',
|
||||
id: 'axialSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
type: 'voi',
|
||||
id: 'ctWLSync',
|
||||
source: false,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
type: 'voi',
|
||||
id: 'fusionWLSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
type: 'voi',
|
||||
id: 'ptFusionWLSync',
|
||||
source: false,
|
||||
target: true,
|
||||
options: {
|
||||
syncInvertState: false,
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
displaySets: [
|
||||
{
|
||||
id: 'ctDisplaySet',
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
options: { ...getPTOptions(ptOptionsParams) },
|
||||
id: 'ptDisplaySet',
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
viewportOptions: {
|
||||
viewportId: 'fusionSagittal',
|
||||
viewportType: 'volume',
|
||||
orientation: 'sagittal',
|
||||
toolGroupId: toolGroupIds.fusion,
|
||||
initialImageOptions: {
|
||||
preset: 'middle', // 'first', 'last', 'middle'
|
||||
},
|
||||
syncGroups: [
|
||||
{
|
||||
type: 'cameraPosition',
|
||||
id: 'sagittalSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
type: 'voi',
|
||||
id: 'ctWLSync',
|
||||
source: false,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
type: 'voi',
|
||||
id: 'fusionWLSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
type: 'voi',
|
||||
id: 'ptFusionWLSync',
|
||||
source: false,
|
||||
target: true,
|
||||
options: {
|
||||
syncInvertState: false,
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
displaySets: [
|
||||
{
|
||||
id: 'ctDisplaySet',
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
options: { ...getPTOptions(ptOptionsParams) },
|
||||
id: 'ptDisplaySet',
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
viewportOptions: {
|
||||
viewportId: 'fusionCoronal',
|
||||
viewportType: 'volume',
|
||||
orientation: 'coronal',
|
||||
toolGroupId: toolGroupIds.fusion,
|
||||
initialImageOptions: {
|
||||
preset: 'middle', // 'first', 'last', 'middle'
|
||||
},
|
||||
syncGroups: [
|
||||
{
|
||||
type: 'cameraPosition',
|
||||
id: 'coronalSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
type: 'voi',
|
||||
id: 'ctWLSync',
|
||||
source: false,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
type: 'voi',
|
||||
id: 'fusionWLSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
type: 'voi',
|
||||
id: 'ptFusionWLSync',
|
||||
source: false,
|
||||
target: true,
|
||||
options: {
|
||||
syncInvertState: false,
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
displaySets: [
|
||||
{
|
||||
id: 'ctDisplaySet',
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
options: { ...getPTOptions(ptOptionsParams) },
|
||||
id: 'ptDisplaySet',
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
];
|
||||
}
|
||||
|
||||
function getSeriesChartViewport() {
|
||||
return {
|
||||
viewportOptions: {
|
||||
viewportId: 'seriesChart',
|
||||
},
|
||||
displaySets: [
|
||||
{
|
||||
id: 'chartDisplaySet',
|
||||
options: {
|
||||
// This dataset does not require the download of any instance since it is pre-computed locally,
|
||||
// but interleaveTopToBottom.ts was not loading any series because it consider that all viewports
|
||||
// are a Cornerstone viewport which is not true in this case and it waits for all viewports to
|
||||
// have called interleaveTopToBottom(...).
|
||||
skipLoading: true,
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
};
|
||||
}
|
||||
|
||||
function getCTViewports() {
|
||||
return [
|
||||
{
|
||||
viewportOptions: {
|
||||
viewportId: 'ctAxial',
|
||||
viewportType: 'volume',
|
||||
orientation: 'axial',
|
||||
toolGroupId: toolGroupIds.ct,
|
||||
initialImageOptions: {
|
||||
preset: 'middle', // 'first', 'last', 'middle'
|
||||
},
|
||||
syncGroups: [
|
||||
{
|
||||
type: 'cameraPosition',
|
||||
id: 'axialSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
type: 'voi',
|
||||
id: 'ctWLSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
displaySets: [
|
||||
{
|
||||
id: 'ctDisplaySet',
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
viewportOptions: {
|
||||
viewportId: 'ctSagittal',
|
||||
viewportType: 'volume',
|
||||
orientation: 'sagittal',
|
||||
toolGroupId: toolGroupIds.ct,
|
||||
initialImageOptions: {
|
||||
preset: 'middle',
|
||||
},
|
||||
syncGroups: [
|
||||
{
|
||||
type: 'cameraPosition',
|
||||
id: 'sagittalSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
type: 'voi',
|
||||
id: 'ctWLSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
displaySets: [
|
||||
{
|
||||
id: 'ctDisplaySet',
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
viewportOptions: {
|
||||
viewportId: 'ctCoronal',
|
||||
viewportType: 'volume',
|
||||
orientation: 'coronal',
|
||||
toolGroupId: toolGroupIds.ct,
|
||||
initialImageOptions: {
|
||||
preset: 'middle',
|
||||
},
|
||||
syncGroups: [
|
||||
{
|
||||
type: 'cameraPosition',
|
||||
id: 'coronalSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
type: 'voi',
|
||||
id: 'ctWLSync',
|
||||
source: true,
|
||||
target: true,
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
displaySets: [
|
||||
{
|
||||
id: 'ctDisplaySet',
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
];
|
||||
}
|
||||
|
||||
const defaultProtocol = {
|
||||
id: 'default4D',
|
||||
locked: true,
|
||||
// Don't store this hanging protocol as it applies to the currently active
|
||||
// display set by default
|
||||
// cacheId: null,
|
||||
hasUpdatedPriorsInformation: false,
|
||||
name: 'Default',
|
||||
createdDate: '2023-01-01T00:00:00.000Z',
|
||||
modifiedDate: '2023-01-01T00:00:00.000Z',
|
||||
availableTo: {},
|
||||
editableBy: {},
|
||||
imageLoadStrategy: 'default', // "default" , "interleaveTopToBottom", "interleaveCenter"
|
||||
protocolMatchingRules: [
|
||||
{
|
||||
attribute: 'ModalitiesInStudy',
|
||||
constraint: {
|
||||
contains: ['CT', 'PT'],
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
// -1 would be used to indicate active only, whereas other values are
|
||||
// the number of required priors referenced - so 0 means active with
|
||||
// 0 or more priors.
|
||||
numberOfPriorsReferenced: -1,
|
||||
displaySetSelectors: {
|
||||
defaultDisplaySetId: {
|
||||
// Unused currently
|
||||
imageMatchingRules: [],
|
||||
// Matches displaysets, NOT series
|
||||
seriesMatchingRules: [
|
||||
// Try to match series with images by default, to prevent weird display
|
||||
// on SEG/SR containing studies
|
||||
{
|
||||
attribute: 'numImageFrames',
|
||||
constraint: {
|
||||
greaterThan: { value: 0 },
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
// Can be used to select matching studies
|
||||
// studyMatchingRules: [],
|
||||
},
|
||||
ctDisplaySet: {
|
||||
// Unused currently
|
||||
imageMatchingRules: [],
|
||||
// Matches displaysets, NOT series
|
||||
seriesMatchingRules: [
|
||||
{
|
||||
attribute: 'Modality',
|
||||
constraint: {
|
||||
equals: {
|
||||
value: 'CT',
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
required: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
attribute: 'isReconstructable',
|
||||
constraint: {
|
||||
equals: {
|
||||
value: true,
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
required: true,
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
// Can be used to select matching studies
|
||||
// studyMatchingRules: [],
|
||||
},
|
||||
ptDisplaySet: {
|
||||
// Unused currently
|
||||
imageMatchingRules: [],
|
||||
// Matches displaysets, NOT series
|
||||
seriesMatchingRules: [
|
||||
{
|
||||
attribute: 'Modality',
|
||||
constraint: {
|
||||
equals: 'PT',
|
||||
},
|
||||
required: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
attribute: 'isReconstructable',
|
||||
constraint: {
|
||||
equals: {
|
||||
value: true,
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
required: true,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
attribute: 'SeriesDescription',
|
||||
constraint: {
|
||||
contains: 'Corrected',
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
weight: 2,
|
||||
attribute: 'SeriesDescription',
|
||||
constraint: {
|
||||
doesNotContain: {
|
||||
value: 'Uncorrected',
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
|
||||
// Should we check if CorrectedImage contains ATTN?
|
||||
// (0028,0051) (CorrectedImage): NORM\DTIM\ATTN\SCAT\RADL\DECY
|
||||
],
|
||||
// Can be used to select matching studies
|
||||
// studyMatchingRules: [],
|
||||
},
|
||||
chartDisplaySet: {
|
||||
// Unused currently
|
||||
imageMatchingRules: [],
|
||||
// Matches displaysets, NOT series
|
||||
seriesMatchingRules: [
|
||||
{
|
||||
attribute: 'Modality',
|
||||
constraint: {
|
||||
equals: {
|
||||
value: 'CHT',
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
required: true,
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
stages: [
|
||||
{
|
||||
id: 'dataPreparation',
|
||||
name: 'Data Preparation',
|
||||
viewportStructure: {
|
||||
layoutType: 'grid',
|
||||
properties: {
|
||||
rows: 1,
|
||||
columns: 3,
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
viewports: [...getPTViewports()],
|
||||
createdDate: '2023-01-01T00:00:00.000Z',
|
||||
},
|
||||
|
||||
{
|
||||
id: 'registration',
|
||||
name: 'Registration',
|
||||
viewportStructure: {
|
||||
layoutType: 'grid',
|
||||
properties: {
|
||||
rows: 3,
|
||||
columns: 3,
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
viewports: [...getFusionViewports(), ...getCTViewports(), ...getPTViewports()],
|
||||
createdDate: '2023-01-01T00:00:00.000Z',
|
||||
},
|
||||
|
||||
{
|
||||
id: 'roiQuantification',
|
||||
name: 'ROI Quantification',
|
||||
viewportStructure: {
|
||||
layoutType: 'grid',
|
||||
properties: {
|
||||
rows: 1,
|
||||
columns: 3,
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
viewports: [...getFusionViewports()],
|
||||
createdDate: '2023-01-01T00:00:00.000Z',
|
||||
},
|
||||
|
||||
{
|
||||
id: 'kineticAnalysis',
|
||||
name: 'Kinetic Analysis',
|
||||
viewportStructure: {
|
||||
layoutType: 'grid',
|
||||
properties: {
|
||||
rows: 2,
|
||||
columns: 3,
|
||||
layoutOptions: [
|
||||
{
|
||||
x: 0,
|
||||
y: 0,
|
||||
width: 1 / 3,
|
||||
height: 1 / 2,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
x: 1 / 3,
|
||||
y: 0,
|
||||
width: 1 / 3,
|
||||
height: 1 / 2,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
x: 2 / 3,
|
||||
y: 0,
|
||||
width: 1 / 3,
|
||||
height: 1 / 2,
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
x: 0,
|
||||
y: 1 / 2,
|
||||
width: 1,
|
||||
height: 1 / 2,
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
},
|
||||
},
|
||||
viewports: [...getFusionViewports(), getSeriesChartViewport()],
|
||||
createdDate: '2023-01-01T00:00:00.000Z',
|
||||
},
|
||||
],
|
||||
};
|
||||
|
||||
/**
|
||||
* HangingProtocolModule should provide a list of hanging protocols that will be
|
||||
* available in OHIF for Modes to use to decide on the structure of the viewports
|
||||
* and also the series that hung in the viewports. Each hanging protocol is defined by
|
||||
* { name, protocols}. Examples include the default hanging protocol provided by
|
||||
* the default extension that shows 2x2 viewports.
|
||||
*/
|
||||
|
||||
function getHangingProtocolModule() {
|
||||
return [
|
||||
{
|
||||
name: defaultProtocol.id,
|
||||
protocol: defaultProtocol,
|
||||
},
|
||||
];
|
||||
}
|
||||
|
||||
export default getHangingProtocolModule;
|
||||
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